2、費用不同。以社會保險中的養老保險為例，企業在職職工繳費時，用人單位需承擔繳費基數的16%（深圳等個別地區為13%或14%等，根據5月1日后的改革要求，會逐步過渡到16%），職工個人承擔繳費基數的8%，這8%進入到個人賬戶，兩者合計24%。而如果是靈活就業人員，僅需承擔繳費基數的20%，其中的8%進入個人賬戶。可以看出，掛靠單位與靈活就業繳納的費用不同。
3、待遇差異。如，由于靈活就業人員繳納的險種較少，無法享受失業保險、生育保險等待遇。在職職工繳納失業保險一年以后，如果被迫失業時，是可以享受失業金待遇的，而靈活就業人員則無此項。
再比如，在職職工可以享受生育保險的待遇，如報銷產檢費用、享受生育津貼等，靈活就業人員則無此項福利。
當然，靈活就業人員也有特殊的政策，如4050社保補貼政策是在職職工無法享受的。在全國大半以上的城市，針對4050（多數地區改為4555）就業困難人員，給予一定的補貼。補貼方式各地并不相同，有的是直接降低費率，還有的是繳費后發放補助等方式。
當然，還有一些差異，例如除少數幾個省份外，多數省份的女性靈活就業人員退休年齡為55歲，而企業女職工則可以50歲就辦理退休。
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