解放時期初期，他隨部隊奔赴東北作戰，先是擔任了東北挺進縱隊副司令，又調任東北民主聯軍七縱擔任政委、一縱副政委、十縱政委等職。他在東北作戰的這幾年中，打的最出名的戰役是黑山阻擊戰，與梁興初死死頂住了廖耀湘西進兵團的進攻，為大部隊圍殲廖耀湘提供了時間。
新中國成立后，他擔任了東北軍區空軍政委，在此期間有了一些時間，他就主動學習文化。首先，他把數理化作為首要目標，從小學數學開始學，歷經四年時間學完了高中知識，而且都是在業余時間學習的。
1958年，他覺得在軍隊的工作量不大，希望發揮余熱到地方搞建設。于是，主動向上級申請調任地方，最終去了云南。1959年，他寫了一篇關于林彪的文章，呈報上級審查后發表了，也就是這篇文章給他之后的生活帶來變化。
1964年，在云南工作5年后，他調回北京擔任冶金工業部副部長。后來特殊時期，在韓先楚調推薦下，他成為福州軍區政委。周赤萍從1959年離開軍隊，到1969年回來，在地方10年。
1971年，一九一三事件后，他被隔離審查，原因是他在1959年的文章被重新翻出來，印刷成小冊子，成為了他對其歌功頌德的證據。他也被免去了大軍區政委，而且降為了師級干部待遇。從此，周赤萍就再也沒有公開露面了。
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