這種政治制度出現的初期，的確對兩晉的發展起到了促進的作用，使國家從戰亂中快速恢復出來。但是隨著國家進入和平狀態，貪婪的門閥士族形成政治集團，把持朝政和國家資源，成為國家動蕩的誘因。在這種政治環境下，所有的家族都想要做上等的門閥士族，而皇室只是門閥士族的代言人，這樣的情況給國家埋下很大隱患。這些隱患可能導致門閥士族之間，或門閥士族和庶族、寒門等下階層的家族之間發生爭權奪利的沖突。這些沖突的爆發甚至會引發戰亂，也成為魏晉南北朝短命王朝頻繁出現的根本原因。
由于魏晉數百年的政治傳統，使得門閥政治制度在漢族門閥士族之中深入人心。士族之人看不起庶族、寒門，不同位階的門閥之間不能通婚，形成了深刻的社會裂痕。這個裂痕在北魏建立初期還不明顯，因為當時漢族門閥集團還不能掌握國家政權，拓跋珪等皇帝采取的是漢族和鮮卑貴族平衡朝廷的政治格局。因為有外部政治勢力的存在，所以漢族門閥之間存在內斗比較小，也容易互相妥協讓步。可拓跋宏進行了漢化改制之后，整個北魏朝廷成為了門閥制度的角斗場，幾乎所有官員 都來自于門閥士族，這就讓門閥政治的缺陷徹底暴露出來。
拓跋宏在北魏的漢化改革中大力推動了門閥政治制度的建設，使得國家全面實行門閥政治化。他首先進行姓氏改革，將皇族的拓跋氏改為元氏，然后將鮮卑族和其他少數民族貴族的姓氏進行了改革。比如將拔拔氏為長孫氏，達奚氏為奚氏，乙旃氏為叔孫氏，丘穆陵氏為穆氏，步六孤氏為陸氏，賀賴氏為賀氏，獨孤氏為劉氏，賀樓氏為樓氏，勿忸于氏為于氏，尉遲氏為尉氏等等。然后他又將范陽盧氏、清河崔氏、滎陽鄭氏和太原王氏定位漢族四大姓氏，并與鮮卑族穆、陸、賀、劉、樓、于、嵇、尉八姓定為貴族大姓。
為了讓漢族門閥和鮮卑族門閥之間不分彼此，具有同等的政治地位，拓跋宏帶頭將范陽盧敏、清河崔宗伯、滎陽鄭羲、太原王瓊、隴西李沖等漢族大士族官員的女兒納入后宮。他還為六個弟弟迎娶王妃，命長弟咸陽王元禧聘故潁川太守隴西李輔之女，次弟河南王元干聘故中散大夫代郡穆明樂之女，次弟廣陽王元羽聘驃騎諮議參軍滎陽鄭平城之女，次弟潁川王元雍聘故中書博士范陽盧神寶之女，次弟始平王元勰聘廷尉卿隴西李沖之女，季弟北海王元祥聘吏部郎中滎陽鄭懿之女。這么一來漢族和鮮卑族貴族密切通婚，政治地位不相上下。
拓跋宏采用的手段都是以前崔浩提出的“大整流品，明辨姓族”的辦法，在北魏建立起了自己的門閥政治制度，并在鮮卑和漢族貴族中分姓定族，根據姓族等級高低分別授以不同的官位、給予不同的特權。經過這一番改革，北魏的胡漢矛盾明顯改善，國家凝聚力增強，在經濟、文化、社會、政治、軍事等方面大大的發展，史稱“孝文帝中興”。可這番改革也讓北魏走上了東西兩晉的老路，將門閥政治作為國家治理的根本制度，使得漢族和鮮卑族大姓成為朝廷和國家資源的壟斷者，為北魏的滅亡埋下大患。
北魏建立初年，定都是在北方的平城，這里是中原王朝的北疆，是胡人和漢人活動區域的分界線上。為了抵抗來自北方草原的柔然人的南侵，從道武帝拓跋珪開始就在平城背面設置軍鎮以抵抗柔然人的軍隊。這里的軍鎮很多，最為著名的就是沃野、懷朔、武川、撫冥、柔玄、懷荒六鎮。在拓跋宏遷都之前，六鎮是抵擋北方進攻的第一道防線，所以北魏朝廷非常重視，不但投入大量資金和資源建設，還積極調動鮮卑族的貴族子弟到六鎮的軍隊中服役。當時朝廷中很多大臣和軍官都有在六鎮服役的經歷，六鎮也成為北魏官宦子弟崛起的捷徑。
可隨著拓跋宏遷都洛陽以后，北魏首都時刻面臨的柔然人危機被解除，這也使得六鎮在國家政治和軍事生活中的地位快速下降。本來到六鎮服役不但在經濟上有巨額的投資和收益，而且政治上占據先手，可遷都之后這些優勢都逐漸失去了。北魏朝廷減少了對六鎮防線的各種投資，六鎮服役的鮮卑貴族子弟也不再有政治上的優越感，在選官和提拔時也不再有優勢。而與之相對的是，這些資源和優勢都被新崛起的漢族和鮮卑族大姓士族所把持。門閥貴族看不起六鎮之人，各種政治和經濟上打壓歧視，使得雙方矛盾越發嚴重。
隨著門閥政治制度的推行，北魏的門閥士族們完全壟斷了朝廷的資源，斬斷了六鎮軍民進入朝廷的通道，使得雙方積怨達到了制高點。而六鎮以前之所以繁榮，就是因為國家的超額投入，和鮮卑貴族子弟的投靠。而這個地方本身是非常荒涼的，不但經濟上無法自給自足，而且生活和戰斗都非常艱苦，還需要時時面對來自北方柔然人的侵略。失去國家朝廷的支持后，六鎮的軍民過得非常艱難，而壟斷朝廷的門閥士族則越發的富貴豪奢。這兩種對立便引發了北魏內部矛盾的爆發，于是破六韓拔陵、胡琛、葛榮、萬俟丑奴等六鎮人先后起兵反叛。
這場戰爭最終席卷了整個北魏，給國家造成了巨大的破壞，也為爾朱榮軍事集團的形成創造了機會。雖然六鎮的叛亂被鎮壓了，但門閥政治制度在國家內部形成的矛盾并沒有解決。隨著爾朱榮集團把持朝政，也就為北魏的滅亡敲響了喪鐘。從這一點看，北魏滅亡的根源便是從拓跋宏在漢化后實行門閥政治制度開始的。從史書上看，拓跋宏改革的成就是不能否認的。他的確促進了胡漢的民族融合，為中華文明的發展做出了巨大的貢獻。但全盤接收漢族文化時，他也接收了門閥政治制度這種糟粕，最終為國家埋下大患，真是讓人唏噓不已。
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