為了掌控皇權和加強中央集權，元恪可謂是費盡心思，無所不用其極。他寵信國舅高肇，縱容他誣陷和打壓宗王勢力與門閥士族，制造了很多冤假錯案。其中他的第一個皇后于氏便是因此郁郁而死，而于氏所生之子也因為高肇故意耽擱其病情而早夭。其中的原因是作為鮮卑八大門閥之一的于烈于忠父子掌握禁軍權力，他擔心于氏所生之子成為太子會威脅皇權。元恪連自己親生兒子和結發之妻都不能放過，他的人性中還有什么仁慈可言？說他因為仁慈而取消“子貴母死”的制度，簡直是滑天下之大稽。
對于第二種說法，其實民間并無多少證據，只是主觀臆測而已。胡太后并非元恪的皇后，甚至連皇妃都不是，只是貴嬪而已，在北魏的宮廷中地位是不高的。她的地位不但比不上繼于氏之后當皇后的高英，甚至比不上比她早進宮的嬪妃。史書中并沒有元恪盲目寵愛胡太后的記載，更不要說胡太后用各種厲害手段把元恪迷得暈頭轉向。實際上胡太后崛起是在元恪去世后，因為兒子元詡被擁立登基，她作為皇太后臨聽制，所以才逐漸掌握了朝政大權。從史料記載來看，元恪并非沉迷女色的皇帝，說他因迷戀胡太后而改變制度并不成立。
從北魏的各種史料來看，元恪既非仁慈的皇帝，也非好色的皇帝，而是善于弄權的皇帝。他從即位開始就玩弄權術，先從以元禧為首的顧命大臣和宗王勢力中奪回皇權，得以完成親政。然后又扶持國舅高肇，借此打擊宗王勢力和鮮卑、漢族的門閥士族，加強朝廷的中央集權，使朝廷權力集中于他一人之手。
可以說元恪執政時期不一定是國力最巔峰的，但絕對是中央集權最強大的。以他善于弄權的性格是不會完全相信任何人，包括在幫他奪回皇權得以親政的于烈于忠父子。他扶了持高肇兄弟之后，廣泛地打壓了鮮卑和漢族的門閥士族，于氏因為是皇后的親戚反而深受猜忌。
以他的這種性格，對于高肇把持朝政也不會完全放心的。前文講過他選擇高肇是因為高肇來歷比較單純，在中原沒有勢力，于門閥士族的關系也不好，不會擔心他們尾大不掉。但高肇長期霸占權位之后，高麗高氏也開始和中原門閥密切交往，再加上高肇的侄女高英成為皇后，這就使得高麗高氏出現了不可控的變化。以元恪多疑猜忌的性格，自然會做出提前的準備，而保住胡太后就是他的重要手段之一。可以說從政治斗爭的策略來看，元恪取消“子貴母死”的制度保住胡太后，其意圖與當初扶持高肇打擊宗王勢力是異曲同工的。
胡太后是河州刺史胡國珍之女，從出身上看連門閥士族都不是，只能算是官宦世家。在南北朝時代門閥士族是第一位的，普通的官宦世家只能是第二位。高肇雖然是高麗高氏，但冒認渤海高氏的分支，也勉強擠進了門閥士族圈子。可胡太后的家庭出身比高肇還要偏，地位更低得多。她家祖上是后秦的貴族，投降胡夏后又受了赫連勃勃的爵位，胡夏滅亡后再投靠北魏。她的父親胡國珍雖然繼承了家族武始侯的爵位，但在貴族圈子中也是低端角色。她并非走官方途徑入宮，而是靠當尼姑的姑姑在宮廷講經說法時走后門入宮的。
當時皇后高英沒有兒子，元恪活著的兒子中只有元詡一位，他是胡太后所生。所以在立太子的層面，元恪沒有別的選擇，只能立元詡為太子。按照“子貴母死”的制度，元詡立為太子，則必須賜死胡太后，將元詡交給皇后高英撫養。可如此一來，便產生了國家大權失控的風險。當時高肇已經把持朝政，高英是高肇的侄女，形成了內廷與外朝互相呼應的政治格局。如果再把年幼的元詡送到高英手里，那高麗高氏不但掌控了現在，還控制了未來。一旦元恪有個什么三長兩短，高英肯定臨朝聽制，這就是第二個馮太后。
為了掣肘高麗高氏在朝廷中的權力，元恪是絕不會把元詡交給高英的，這就必須保證胡太后活著。正是出于這種考慮，元恪在違背祖制取消了“子貴母死”的制度，讓胡太后活了下來。在他看來胡太后的家族比高麗高氏都不如，胡太后憑借家族把持朝政的可能性不存在。如果朝廷中出現胡氏和高氏制衡的格局，他也是樂見其成的。如果能夠圍繞元詡出現胡氏、高氏、宗王及其它門閥互相牽扯的政治格局，這更有利于元詡控制國家大權，保證中央集權的政治生態。可是從歷史的發展來看，元恪的想法太天真，反而給北魏埋下大患。
元恪沒有預見到，胡氏雖然不強，但卻愿意和宗王勢力、門閥士族合作，聯合打擊高氏在朝中的霸權，使朝廷權力再次被掌握在太后手中。而胡太后利用這種權力臨朝聽制，使元詡成為了傀儡皇帝。而她與宗王、門閥的聯合也鏟除了高麗高氏的勢力，成為一家獨大的執政聯盟。從根源上看，元恪多方政治平衡未能實現的原因在于，高麗高氏和胡氏的勢力都相對薄弱，又不能聯合與宗王、門閥勢力抗衡，最終只能各自斗爭。由于高肇與宗王有著不可調和的矛盾，這使得胡氏成為宗王勢力支持的對象，年幼的元詡只能成為犧牲品。
從元恪對國家大事的安排來看，他明顯犯了中國古代守成皇帝最容易犯的錯誤，過于依賴用權謀手段治國。這種辦法充分利用的皇帝身份和皇權的力量，能夠以較小的代價，達成較大的整治成果，加強朝廷的中央集權。他扶持高肇也好，廢除“子貴母死”的制度也罷，都是為了玩弄權術的需要。可權術這種政治工具都是依托于人存在的，當人不存在了，權術的力量則蕩然無存，制衡的效果便完全消失。失去制衡的政治生態，要么使得朝廷在內耗中逐漸衰弱，要么引發一輪一輪的政治斗爭，最終走向亡國的結局，北魏的發展正是后者。
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