神宗朝時也發生過兩次大的變化。熙寧元年（1068）十二月一日，“詔皇城司今后以七員為額，差兩人前班諸司使以上，永為定式。”元豐六年（1083），實際人數很快超過十員，為此宋神宗不得不再次下詔裁減。
四月十七日，“上批干當皇城司官數多，可除兩省都知押班外，取年深者減罷，止留十員，自今勿員外置。”可見，在此之前，皇城司長官員數曾達十數員之多，并存在“員外置”的情況。
到了徽宗朝，為了加強皇權統治，以親王提舉皇城司。下設勾當官二員。而宣和元年（1119）八月，從福建莆田《神霄玉清萬壽宮碑碑文》觀之，又有了提點皇城司的設置，并且至少二員。可見，北宋末，皇城司長官實際上是由“提舉官”一員、提點官至少兩員、“勾當官二員”構成。
南宋初年，增為八員，“提舉官一，提點二，干辦五”；而紹興十三年（1143），值“錢愐除太尉、提舉皇城司、引見司”時，其員額設置為“提點一員、干辦三員，以閤門官充”。
《宋會要》與《宋史》俱載皇城司長官一般由武臣和宦官充任。其中宦官充任者，要求以入內押班、都知充任，但真宗大中祥符二年（1009）四月，下詔“內中職官不欲更在他局”，此后一段時期，勾當皇城司長官不再以入內押班、都知充任。
仁宗景祐二年（1035）十二月三日有了更為明確的規定，“入內都知、押班，今后經落職，只得前殿都知、押班，今后前后殿都知押班，不勾當皇城司，見勾當者，年滿差替”。而神宗熙寧元年（1068）十二月一日，詔皇城司，“差兩人前班諸司使以上，永為定式”。
另外，南宋人吳自牧在追述北宋皇城司的有關情況時提及皇城司長官“系知閤、御帶、環衛官兼領干辦之職”。南宋時則又作出了具體限定，高宗紹興十三年（1143）八月，詔“以閤門官充”，而到了寧宗嘉定二年（1209）十一月二十六日，臣僚又請專以“知閤、御帶兼領”。
這其中，武臣一般為諸司使副或武功大夫以上充，而宦官則由入內押班、都知充。前者為從七品或正七品，后者為正六品。這就限定了皇城司長官的品階不得低于從七品。宋朝立國之初，逐步剝奪了藩鎮的權力，全國內外官員都由中央統一任命。
宋代大體上繼承了唐朝由皇帝冊授高級官員，即特旨除授制度；宰相府除授朝廷次要官員，即堂除制度；吏部差注全國基層官員的制度。此外，又在有限的范圍內沿用了長官奏辟屬員之法，在廣南等地實行了地區性的定差法。
各種制度綜合運用，在高度集權中存在著一定范圍的靈活性。南宋時皇城司干辦官的任用仍有特旨除授的痕跡。比如高宗紹興二十二年（1152）六月詔閤門宣贊舍人劉伉與換右武郎、干辦皇城司；寧宗嘉定二年（1209）十一月八日，給事中鄒應龍乞將“賈浚明差兼干辦皇城司，候有闕日差填，供職指揮追寢”等等。
提舉皇城司自設立始便具濃厚特旨除授的色彩。政和六年（1116），徽宗趙佶在勾當皇城司的基礎上特設提舉皇城司一職，并打破“宗室不領職事”的慣例，讓皇三子趙楷擔任此職，欲以之代東宮而繼任新君。
特旨除授在這里更加顯示了強大威力，成為皇帝們將自己的感情因素轉化為現實的有效途徑。此后提舉皇城司便一直采取特旨除授的方式。另外，皇城司長官任滿再任，一般也需要特旨除授。只不過是對在任的對象作出一定的限制。
元祐六年（1091）規定只有充任入內都知、押班的宦官才能夠取旨再任。以后更是屢有增損。從歷史的縱向發展來看，堂除這一制度的產生，是在吏部差注全國內外官員出現弊端后產生的。但到了南宋，堂除制度則又嚴重侵害了吏部銓選。
可見南宋時，宰相的權限極度擴張，堂除勢力得以急劇膨脹。那么何謂堂除？所謂堂除，“都堂奏差者也。武臣即經密院專差員闕，則曰樞密院札子，或樞密院奏云云。”北宋前期，堂除文官由中書門下主持，武官由樞密院主持，但事關兩方面者則須兩府互相關報。
元豐改制后，堂除之闕，“有中書進擬者，有樞密院者，有三省者，有三省樞密院同進者”。其中，三省、樞密院共同注擬的主要是“帥臣、邊鎮大吏、內臣近上差遣”等。那么皇城司長官的遴選就無疑屬于三省樞密院差除范疇了。
根據史料，約在仁宗慶歷八年（1048）閏正月前，勾當皇城司長官的任用方式一般為特旨除授。皇城使或勾當皇城司最初是作為皇城司的最高長官而存在的。作為統治者的私密機構，其長官的任用當然是慎之又慎。
為了使這一機構能夠嚴格按照自己的意圖行事，統治者便采取特旨除授的方式來任免其長官。但到了北宋末，隨著提點皇城司與提舉皇城司的相繼建立，勾當皇城司不得不讓位于提舉皇城司與提點皇城司，實權掌握在了提舉皇城司手中。
對統治者而言，只要將最高長官提舉皇城司的任免權牢牢掌握在手中，這一機構便永遠都是天子的私密機構。就這樣，提舉皇城司的選任就理所當然的取代原先的勾當皇城司而為特旨除授，這之后的提點皇城司與勾當皇城司則幾乎同淪為堂除了。
我國自古就有“三載考績，三考黜陟幽明”的考核理論。唐宋時期，一般官員的任期都有了明確界定。皇城司長官的任用期限一般為三年，特殊情況下允許再任或連任。如趙楷自政和六年（1116）十一月提舉皇城司至宣和七年（1125）十二月，一任就是十年。
同樣，如遇特殊情況，任期將會縮短甚至終止。若皇城司長官違法犯罪，則可提前終止其任期。慶歷八年（1048）閏正月的宿衛變亂，導致六位勾當皇城司長官中的五位被提前終止了職務，處以在外差遣，而楊懷敏隨后亦被黜職。
同樣可以想像，趙楷若不是由于靖康內訌、金兵入侵，任期也許會更長。皇城司長官的任用不許“指射陳乞”原則，即是指凡皇城司長官有闕，不允許官員自陳擔任此種職務。宋仁宗朝以前，文武官員該磨勘時，都須“自投文狀”。即自我申請，或稱“自陳”。
此后，常調京朝官、武臣，合磨勘時，由審官院或三班院、樞密院根據官員的除授月日、歷任家狀等，依法磨勘。這條原則雖只涉及官階的升遷，但和官員的差遣任職也并不是毫無關聯。盡管兩宋官多闕少，但官階的升遷乃是差遣任職的必要積蓄，無疑也是為了獲得更好的美差而已。
皇城司長官的任用也不許“指射陳乞”。真宗時，內侍雷允恭因干請丞相丁謂，欲為勾當皇城司一職，遭臣僚抨擊，成為雷允恭“亦下獄”的一個重要原因。仁宗慶歷八年（1048）閏正月，臣僚上言建請“乞今后（皇城使）只差四員，選經歷有心力、況應為沈。
據《長編》改厚之人勾當，各更不許人指射陳乞，如違，并以違制論”，這表明遠在慶歷八年（1048）之前皇城司長官的選拔已不允許指射陳乞了。其后更是三令五申，皇祐二年（1050）正月，仁宗再次下詔令“樞密院自今勾當皇城司并選差人，仍不許陳乞”。
自此，這種慣例幾乎延續到南宋滅亡。嘉定二年（1209）十一月臣僚上言“今隸籍于中者類多市井烏合，訓齋不素，全籍統攝得人，豈可輕授？自今乞專以知閤御帶兼領，不以畀資望輕淺者，儻更有躁進之徒僥踰干請，雖已頒成命，亦可收回”，規則甚是嚴備。
宋代官員有一套任滿無過即可升轉官階、有功勞績效者則予以獎賞的升遷制度，稱作“磨勘”。磨勘對象主要是沒有退休的中下級文武官，尤以選人改官、使臣遷轉為重點。高級官員即文臣諸卿監以上、武臣橫行以上不在磨勘之列，年滿七十而未退休者也不再磨勘。
徽宗政和間，改革武階官制，“武功大夫率徑遷橫行”，導致人員大增。南宋初年，詔令即規定：不因軍功，不許轉橫行。高級官員不行磨勘法，他們的升遷主要取決于皇帝特旨，這是最高統治者集中人事權的需要。
皇城司官員的磨勘，主要是指以諸司使副的寄祿官階充任皇城司差遣的勾當皇城司與提點皇城司。他們正常任滿后，一般上轉一資。由于皇城使升轉有止法，不能按資磨勘轉行遙郡刺史，所以當勾當皇城司長官中的武臣、內侍或外戚官在皇城使、遙郡刺史之上并需遷轉時，便回授與其子或有服親之有官者。
對皇城司長官失職和瀆職的處罰，輕則罰銅戒勵，重則貶官出外。據前引真宗天禧元年（1017）十二月，皇城親從官魏美、何斌夜盜天書法物珠金事，“其本部將校并降黜，皇城司官罰銅釋之”。
神宗熙寧九年（1076），因開封府百姓孫真制造妖言并越皇城宮城殿垣，皇城司官兵沒有覺察，勾當皇城司內侍押班王中正亦受到罰銅三十斤的處置。對皇城司長官與士大夫交游甚至貪污受賄的行為則以貶官處置。
真宗景德年間，南作坊使勾當皇城司張耆坐與趙諫交游，受其金，為人求薦于吏部，責授供備庫使。而對于嚴重影響皇室安全的失職或瀆職行為更是嚴懲不貸。慶歷八年（1048）閏正月，宿衛“謀為變”，皇城司官未覺察，事后立即毀滅證據，六位勾當皇城司長官皆遭貶官出外的懲罰。
作為皇城司人員的構成部分，皇城司胥吏也有自己的一套選任與管理體制。宋代吏職的充補最初是由官府從熟諳吏道的“等第戶”中揀選出來的，以后又允許自己報名，并有產業上的保證，而出職為官。
然而，部分胥吏主要是中央官府與諸州、監司吏胥，雖有機會出職注官，卻有一定限制，“吏職補官至從政郎止”。吏人出職有《年勞補官法》，凡在京百司吏人，經考試律法三道及格者，得補正名，補正名后方理年勞；補正名吏人有限制，“歲以二十人為額”。
補正名后，依不同機構之吏，三、四年授勒留官，遇恩澤可縮短為一年便授勒留官；授勒留官后或七年、八年、或五年、六年，則許出官。又有年勞滿“積勤累日”，“大率須及二十余年”出官，則不經授勒留直接出職補外任官。
而凡吏人出職，免銓試，徑注差遣。其寄祿階，初授將仕郎，循至修職郎，官升至從政郎止。皇城司吏的磨勘亦符合這種大原則，程序大致與此一致。但推賞時，則可減年，徽宗政和七年正月皇城司推恩時，“內人吏減年候出職日收使，愿支賜者，特許將一年比換”，“勾押官等共二十七人，各減三年磨勘。
由于高官日益為科舉出身的人把持，官與吏在身份地位上的差距便進一步拉大了。但胥吏畢竟還有借以維生的刀筆，如果再不顧廉恥地舞弊弄權，或與貪官狼狽為奸，勒索欺壓百姓，照樣有發財機會。
隨著封建中央集權的加強，宋代出現了嚴重的冗官冗吏問題，各級衙門的官員在皇權淫威的籠罩下多滿足于尸位素餐，他們不求有功，但求無過，也為胥吏夤緣為奸提供了可乘之機。皇城司兵的的職能還在于實際履行各種日常事務。親從官職掌宮殿門管鑰契勘，皇宮內巡察、宿衛及灑掃諸殿等事。
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